Stafleu, M.D. 1966, 'Quantumfysica en wijsbegeerte der wetsidee', Philosophia Reformata 31: 126-156.

Stafleu, M.D. 1968, 'Individualiteit in de fysica', in: Bakker, D.M. et al. 1968, Reflexies, opstellen aangeboden aan Prof. Dr. J.P.A. Mekkes, ter gelegenheid van zijn zeventigste verjaardag, Amsterdam: Buijten en Schipperheijn, 287-305.

Stafleu, M.D. 1970, 'Analysis of time in modern physics', Philosophia Reformata 35: 1-24, 119-131.

Stafleu, M.D. 1972, 'Metric and measurement in physics', Philosophia Reformata 37: 42-57.

Stafleu, M.D. 1978, 'The mathematical and technical opening up of a field of science', Philosophia Reformata 43: 18-37.

Stafleu, M.D. 1979, 'The isolation of a field of science', Philosophia Reformata 44: 1-15.

Stafleu, M.D. 1980, 'The opening up of a field of science by abstraction and synthesis', Philosophia Reformata 45: 47-76.

Stafleu, M.D. 1980, Time and again, A systematic analysis of the foundations of physics, Toronto: Wedge; Bloemfontein: Sacum.

Stafleu, M.D. 1981, 'Theories as logically qualified artefacts I', Philosophia Reformata 46: 164-189.

Stafleu, M.D. 1982, 'Theories as logically qualified artefacts II', Philosophia Reformata 47: 20-40.

Stafleu, M.D. 1983, 'Kritische studie: Popper's Postscript (I)', Philosophia Reformata 48: 50-65.

Stafleu, M.D. 1984, 'Kritische studie: Popper's Postscript (II)', Philosophia Reformata 49: 71-91.

Stafleu, M.D. 1984, 'The kind of motion we call heat', Tydskrif vir christelike wetenskap 20: 1-43.

Stafleu, M.D. 1985, 'Spatial things and kinematic events (On the reality of mathematically qualified structures of individuality)', Philosophia Reformata 50: 9-20.

Stafleu, M.D. 1986, 'Some problems of time - some facts of life', Philosophia Reformata 51: 67-82.

Stafleu, M.D. 1987, Theories at work, On the structure and functioning of theories in science, in particular during the Copernican revolution, Lanham, New York, London: University Press of America.

Stafleu, M.D. 1988, 'Criteria for a law sphere (with special emphasis on the 'psychic' modal aspect)', Philosophia Reformata 53: 171-186.

Stafleu, M.D. 1989, De verborgen structuur, Wijsgerige beschouwingen over natuurlijke structuren en hun samenhang, Amsterdam: Buijten en Schipperheijn.

Stafleu, M.D. 1991, 'Being human in the cosmos', Philosophia Reformata 56: 101-131.

Stafleu, M.D. 1992, En toch beweegt zij, Geschiedenis van de natuurkunde van Pythagoras tot Newton, Meppel etc.: Boom.

Stafleu, M.D. 1994, 'De structuur der materie in de wijsbegeerte van de wetsidee', in: H.G. Geertsema et al. (eds.), Herman Dooyeweerd 1894-1977, Breedte en actualiteit van zijn filosofie, Kampen: Kok, 114-142.

Stafleu, M.D. 1995, 'The cosmochronological idea in natural science', in: S. Griffioen, B.M. Balk (eds.), Christian philosophy at the close of the twentieth century, Kampen: Kok, 93-111.

Stafleu, M.D. 1995, 'Modelvorming als heuristisch instrument in het wetenschappelijke ontsluitingsproces', Philosophia Reformata 60, 1-15.

Stafleu, M.D. 1996, 'Filosofie van de natuurwetenschap', in: R. van Woudenberg (red.), Kennis en werkelijkheid, 177-202, Amsterdam: Buijten en Schipperheijn.

Stafleu, M.D. 1997, 'Comments on anticipations', Philosophia Reformata 62, 129-144.

Stafleu, M.D. 1998, Experimentele filosofie, Geschiedenis van de natuurkunde vanuit een wijsgerig perspectief, Amsterdam: Buijten en Schipperheijn.

Stafleu, M.D. 1999, 'The idea of natural law', Philosophia Reformata 64: 88-104.

Stafleu, M.D. 2000, 'The idionomy of natural kinds and the biological concept of a species', Philosophia Reformata 65: 154-169.

Stafleu, M.D. 2002a, Een wereld vol relaties, Karakter en zin van natuurlijke dingen en processen, Amsterdam: Buijten en Schipperheijn.

Stafleu, M.D. 2002b, 'Evolution, history and the individual character of a person', Philosophia Reformata 67: 3-18.

Stafleu, M.D. 2003, 'On aesthetically qualified characters and their mutual interlacements', Philosophia Reformata 68: 137-147.

Stafleu, M.D. 2004, 'On the character of social communities, the state and the public domain', Philosophia Reformata 69: 125-139.

Stafleu, M.D. 2005, 'The relation frame of keeping company. Reply to Andrew Basden', Philosophia Reformata 70: 151-164.